矛盾した警告だなあ

スクリーンショットは省きつつ、とりあえず結果だけ箇条書き。

■Illustrator
　CS1:不可　CS2:不可　CS3:不可

■InDesign
　CS1:不可　CS2:不可　CS3:可

てことで、InDesign CS3しか駄目です。あとは全部、JIS90字形に戻ってしまう結果に。

そのうえで、works014さんが推測されている以下のもの。

私の場合は、可能な場合「印刷標準字形」をデフォルトにしようと思っているところなのであまり問題はないのだが.....。

もしCS3でも未修正の場合は「段落スタイル」あるいは「文字スタイル」の「詳細文字形式」で、CS3から設定可能になったという「jp04字形」を設定すればいいのだろう（書体はPr6の方が無難かも）。

また、CS2の場合は同じく「詳細文字形式」で「印刷標準字形」を設定すればほぼ大丈夫だろう（ただしこちらは本来の目的が少々異なるので注意が必要）。

「段落スタイル等から異体字設定する」というものですが、これはInDesignでは可能な模様。ただし、選択できる異体字情報はバージョンに依存する形になるので、制限はつきまといます。
Illustratorではいずれもバージョンでも、合成フォント機能を利用することで異体字処理自体が行えなくなるので、スタイルを利用したとしても不可です。

で、本来の字形で出力されるInDesign CS3でも、保存ドキュメントを再度開くとこんなダイアログが表示されてしまいます。

……なんだこの矛盾したメッセージ。
勿論、作成・保存・転回したCS3のバージョンは、アップデータも適用済みの5.0.1Jなんですが。
ちなみに、他のアプリ・バージョンは、メッセージすら出ません。まあ出ても出なくても、設定時と再展開時に同じ結果ならどうでもいいといえばいいんだけれども。

ところで、今回の挙動でふとした推測ができたんだけれども、長くなりそうなのと他の挙動にも絡みそうなところなんで、別にエントリ起こします。