価格とベクトル

InDesignは、どちらかというとヴィジュアル主体のデザイン（雑誌とか）には向いているとは思うんですが、文字主体の処理を行おうとした場合にはあまり向いていないと思ったりするわけで。
なので、ほとんどなくなってはきていますが、いまだに「文字主体で組むのが得意な専用システム」というものが販売を続けていける、という側面もあったりするわけですよ。

ただ、専用システムは高い。売れない分だけということも加味して、InDesignの比でないくらい高い。
ただしそのぶん、特化した機能と生産性についてはInDesign（というかコンシューマでも手が届くDTPアプリケーション）の比ではないわけで。

そのあたりのバランスを見極めて、またいろんなソフトを検証等したうえで、自分のところの業務に見合ったソフトを導入できる（場合によっては必要に応じて複数ソフトの導入も検討する）のが一番よかったりするんですけどね。
そのあたりは価格や導入の敷居と、機能などとのトレードでもあるので、標準でできないことやソフトのベクトル（特性）に合わないことを行う場合はいろいろと工夫するしかないわけで。そこは「道具の使い方」なので、どう使うかは使う人次第。

ちなみに、左右ページで見出しの追出し処理方法を変更できるソフトはあったりします。本来の回答と異なるので、敢えてその旨を掲示板には書かないですが。MC-B2とか。
EDICOLORって出来ましたっけ。機能一覧には書いてないので把握できんのですが。まあ実際に触ればいいんだけど今はその時間がないのでやらない。

参考：書籍組版の考え方（JAGAT）