結局手動で差し替えた

結局はコメント頂いた『詠み人知らず』さん案を使い、「正常にアップデート完了させたPCからフォルダごとひっこ抜いてきて差し替える」という手段に踏み切りました。
するとなんということでしょう、InDesignを何度自動アップデートかけてもアップデートできなかった件はぴたりと止まったではありませんか。

……代わりにCamera Rawがまったく同じ症状になっているけれども。
これの実態がどこか把握していないので、差し替えられません。しくしく。Photoshopフォルダまるごとはやったんですが。Common扱いかなあ。

というか他のものがきちんと自動アップデートできるのに、一部だけ正常にならない理由がよくわからんです。
この症状だけでいえば、別に今に始まったことではなく、CS2でも類似の症状（アップデートが完了してサブバージョンも上がってるのに自動アップデートで影響する）に遭遇したことはあり、Adobe Updaterそのものが以前から抱えてる爆弾みたいなもんじゃないか、という疑問を以前から抱いていたりします。

ただ再現させられない点でどうしたもんかと。何かがトリガーにはなっているとは思うんですが、現状では発生してしまうとまさにどうしようもないというのがもどかしいです、はい。